În istoria gândirii, ateismul ocupă un loc special, fiind încă tratat cu rezervă sau chiar cu ostilitate. Explicaţia acestei mefienţe, fără îndoială regretabile din punct de vedere intelectual, e simplă totuşi: câtă vreme religia, sau mai exact credinţa într‑o putere nevăzută mai mult sau mai puţin personală, continuă să joace, în societatea umană, un rol major, ideologia care o contestă va fi în mod natural dezavuată de instituţiile care o susţin, de Biserică în primul rând, dar şi de altele interesate, din varii motive, de perpetuarea fenomenului religios.

De la începutul istoriei sale, ateismul a fost de regulă privit cu aversiune, ca o gândire subversivă în raport cu cea oficială, o gândire eretică prin excelenţă. Etimologia cuvântului ne lămureşte foarte bine asupra acestui fapt: ateism provine din substantivul grecesc ἀθεότης, care la rândul lui e derivat din adjectivul ἄθεος („ateu”), compus din prefixul privativ ἄ şi substantivul θεος, „zeu”, care circula în Antichitate cu sensul de „fără zei”, adică de lipsă de pietate faţă de zeii cetăţii. După cum se vede, termenul desemna dintru început o lipsă fundamentală, care ulterior a fost identificată cu o gravă carenţă ontologică (lipsa sentimentului de Dumnezezeu, teos, considerat a fi norma): ateul a ajuns să fie privit, până în zilele noastre, ca o fiinţă imperfectă, un fel de aberaţie a naturii. Primul autor cunoscut care a utilizat termenul ἄθεος, cu sensul peiorativ de om care nu crede în zei, a fost Platon, în Apărarea lui Socrate (26 c), pentru a‑l disculpa pe magistrul său Socrate de această acuzaţie (după cum se ştie, acesta a fost condamnat la moarte de tribunalul atenian pentru mai multe delicte, între care şi lipsa de pietate) şi tot Platon a folosit pentru prima oară şi substantivul ἀθεότης, în Omul politic (308 e), ca definind o „natură năvalnică şi perversă”.

După unii cercetători ai fenomenului, s‑ar impune o disociere teoretică între un „ateism negativ”, care ar însemna „lipsa credinţei în Dumnezeu”, şi un „ateism pozitiv”, care ar semnifica „necredinţa (i.e. negarea credinţei) în Dumnezeu”; dacă primul, numit şi „ateism soft”, e în esenţă acelaşi lucru cu agnosticismul, care stipulează că existenţa lui Dumnezeu nu poate fi cunoscută, cel de al doilea susţine fără rezerve că Dumnezeu nu există, acesta reprezentând de fapt ateismul veritabil. Mai mult decât un simplu scepticism, ateismul propriu‑zis ar fi deci tot o formă de credinţă (că Dumnezeu nu există), sau, după unii, chiar de fundamentalism (secular), care s‑ar caracteriza printr‑un spirit combativ în raport cu credinţa contrarie (religioasă): ateismul s‑ar defini exclusiv în raport cu ceea ce neagă (teismul). Acest tip negativ de credinţă ar fi fost imposibil în afara contextului ideologic al modernităţii, care, sub influenţa raţionalismului şi scientismului de sorginte iluministă, ar fi însemnat o schimbare de paradigmă epistemologică în raport cu vechea epocă (teocratică): transformarea omului din simplu obiect (al unei voinţe divine impenetrabile) în subiect cunoscător şi, invers, a lui Dumnezeu din creator al lumii în obiect (ipotetic) al cunoaşterii. În această accepţiune, nici nu se poate vorbi de ateism până în epoca modernă, ceea ce înţelegem astăzi prin acest termen (concepţia imanenţei lumii, în afara oricărei transcendenţe) fiind aproape neinteligibil pentru mentalitatea clasică: ateismul antic ar fi, aşadar, un ateism „soft” .

În opinia altora însă, cei care identifică ateismul cu spiritul modern se fac vinovaţi de „vanitate modernistă”, căci în realitate lipsa de credinţă în supranatural e „la fel de veche ca dealurile”. Ateismul ar avea de fapt o tradiţie comparabilă ca vechime cu iudaismul, primele sale manifestări cunoscute datând din secolul al VI‑lea î.e.n., când filosoful grec Xenofan din Colofon îşi manifestă deschis scepticismul vizavi de credinţa în zei. Dar, la urma urmei, însăşi apariţia termenului în Antichitate atestă realitatea fenomenului, ceea ce justifică abordarea sa istorică începând chiar din această epocă, pornind de la constatarea că, dincolo de diferitele lui avataruri de‑a lungul timpului, avem de‑a face în fond cu aceeaşi atitudine negativă faţă de credinţele religioase existente.

Cercetătorii mai disociază între ateismul pur şi alte specii de necredinţă, precum scepticismul (suspendarea judecăţii în chestiunea credinţei), gândirea liberă (punerea sub semnul întrebării a dogmelor instituite), panteismul (identificarea lui Dumnezeu cu natura) sau deismul (respingerea tuturor cultelor religioase, dar nu şi a ideii de divinitate), ajungând la aceeaşi concluzie, că ateismul ar fi „o invenţie modernă”, de neconceput în afara ideilor iluministe de stat secularizat şi de ştiinţă opusă ireductibil dogmatismului religios. Acest mod (procustian) de abordare limitează însă în mod arbitrar sfera cercetării şi, implicit, înţelegerea adecvată a fenomenului, riscând chiar să‑l discrediteze nejustificat (căci dacă necredinţa este o invenţie recentă, înseamnă că poate fi privită ca superfluă şi respinsă fără probleme).

Până în epoca modernă, termenul ateu desemna de jure orice specie de liber‑cugetător care îndrăznea să pună în discuţie cultele religioase oficiale, toate formele de contestare a autorităţii politice fiind considerate la fel de periculoase şi, în consecinţă, sancţionate la fel de sever: în Antichitate, lipsa de pietate faţă de zeii consacraţi era sinonimă cu subminarea statului însuşi, pedeapsa penală prevăzută fiind moartea sau ostracizarea; iar ulterior, după triumful creştinismului, tiparul a fost preluat tale quale, Biserica făcând apel la autoritatea civilă pentru reprimarea ereziilor încă de la începuturile existenţei sale ca putere în stat (secolul al IV‑lea); pentru crima de ateism, pedeapsa legiferată în epoca medievală (inclusiv până în vremea lui Voltaire) era şi mai drastică: mutilarea fizică urmată de arderea pe rug. În scopul anihilării ereticilor, Biserica Catolică a înfiinţat încă din 1184 instituţia de trist renume, Inchiziţia, care a fost activă până în 1850, când a avut loc ultimul autodafé, în Mexic, iar tortura, utilizată de aceasta pentru smulgerea mărturisirii, a fost condamnată de Vatican abia în 1816. În 1556, Papa Paul al IV‑lea publică prima listă a cărţilor interzise de Biserică, Index librorum prohibitorum (proiectată încă din secolul al IX‑lea), care va fi desfiinţată abia în 19661. Era deci perfect natural ca, în acest context, liber‑cugetătorii să‑şi ia măsuri de precauţie, disimulându‑şi sau atenuându‑şi ideile subversive sub varii forme de discurs critic, astfel încât agnosticismul sau deismul, la care aderă teoretic majoritatea (recuzând adevărurile religiei oficiale) trebuie privite de fapt, de cele mai multe ori, urmând logica negaţiei, ca forme mascate de ateism1. Primele manifestări ateiste directe au apărut în Franţa abia în epoca luminilor, mai întâi sub forma unor texte publicate anonim sau sub pseudonim, ceea ce demonstrează că frica de represalii era în continuare mai mare decât miza emancipatoare pusă în joc: abia după Revoluţie autorii au dobândit curajul de a‑şi declara deschis opiniile sediţioase vizavi de establishmentul religios.